分清原因，合理用药
首先要分清是感染性腹泻还是非感染性腹泻，感染性腹泻还应分清是细菌性还是病毒性腹泻。病毒性和细菌性腹泻要在医生的指导下对症用药，非感染性腹泻可以饮食调理为主。
禁食
腹泻次数较多，大便呈水样者，为使婴儿的肠胃道得到休息，最好禁食8～12小时(即停喂1～2次奶)，禁食期间可喂糖盐水(即在糖水中加少许食盐)。禁食后开始喂奶时的量也应比平时减少些。
减少奶量
腹泻不严重的，可以不用禁食，但喂奶量要减少：母乳喂养的，喂奶间隔时间要相应缩短一些；牛奶喂养的，可以减少奶量、加水冲稀。原已加辅食的，最好停止喂辅食。
逐渐恢复奶量
腹泻减轻，已进入恢复期的，喂奶量可逐渐增加，但不能加得太快，以免再次引起腹泻。一般完全恢复原有喂奶量最好要经过5～7天。如婴儿已到了该添加辅食的月龄(一般四个月后或六个月后)，可在大便正常一周后，开始添加辅食。
通过上文的，相信你已经知道新生儿母乳喂养消化不良怎么办了吧！在遇到这种情况，家长千万不要慌张，要仔细的观察孩子究竟是有什么异常之处，如果严重，就到医院检查一下。宝妈们也应该注意自己的饮食，这样能很好的改善宝宝消化不良。