益生菌是通过定殖在人体内，改变宿主某一部位菌群组成的一类对宿主有益的活性微生物。通过调节宿主黏膜与系统免疫功能或通过调节肠道内菌群平衡，促进营养吸收保持肠道健康的作用，从而产生有利于宿主健康作用的单微生物或组成明确的混合微生物。
促进营养物质的消化吸收
益生菌可合成消化酶，它们与动物体合成的消化酶一起，参与肠道中营养物质的消化，刺激动物体分泌消化酶，降低小肠隐窝深度，增加绒毛高度，增加小肠表面积，促进肠道营养物质的吸收。
提高机体免疫力
益生菌的自身结构如肽聚糖、脂磷壁酸等成分可作为抗原直接发挥免疫激活作用，或者通过自分泌免疫激活剂，刺激宿主免疫系统，从而提高动物的免疫力，增强机体固有免疫细胞和自然杀伤细胞的活性，激活树突状细胞，刺激机体产生细胞因子，并刺激B细胞分泌抗体，益生菌可刺激肠道产生分泌性球蛋白A（SIgA），保护机体健康。
维持肠道菌群结构平衡
肠道不仅是机体正常的组成部分，参与机体重要的生理活动，同时，肠道中还存在复杂的肠道菌群，它们对宿主的生长、发育和健康等方面发挥着重要的功能。
改善肉质
益生菌可通过抑制脂质过氧化，延缓高铁血红蛋白的形成，从而提高肌肉的亮度。益生菌还可影响脂肪酸代谢，提高肌肉的嫩度。
提高机体抗氧化水平
机体中氧化物如氧自由基和羟基自由基等，含有未配对的电子，容易发生氧化还原反应，当机体中的氧化物过量时会导致机体产生氧化损伤。机体中存在着抗氧化系统，它们不断的清除机体合成的氧化物，维持着氧化物的动态平衡。
抑制肠道炎症
益生菌可缓解机体的炎症反应。
保护肠道黏膜屏障
益生菌可降低肠道黏膜渗透性，从而保护肠道黏膜屏障完整性。
养殖水质调节
益生菌参与水体中的多种循环过程，通过自身的代谢，消耗水中的有机物质，减少水体中亚硝酸盐氮、氨氮的浓度，从而达到改善和维持良好水质的效果。